经安徽省科学技术厅批准，1999年12月成立了省部共建“高性能计算与应用”重点实验室，2006年4月通过安徽省科学技术厅的验收，更名为高性能计算安徽省重点实验室。该实验室依托于中国科学技术大学和国家高性能计算中心（合肥），总体目标是：成为安徽省建立高性能计算的教育、研究与开发基地，承担国家和省部级的科学、工程及环境科学等领域大规模计算的研究与开发项目，为安徽省国民经济建设、教育和科研提供高性能计算服务，推广国产大规模并行机的应用，努力增强我国高性能计算研究实力、赶超国际先进水平。
重点实验室已经形成了知识、年龄结构合理、由26人组成的高水平研究队伍，有中国科学院院士1名、教育部长江讲座教授1人、中国科学院人才计划获得者1人、国家基金委优青1人、11名教授、2名高级工程师和10名副教授。现有博士研究生32人、硕士研究生105人。近年来，由本实验室牵头联合了中科大理学院和工程科学学院等交叉学科，成功申请到“计算科学及其应用”111引智计划项目和“大规模科学工程计算”教育部创新团队项目，并成为“高性能计算”2011协同创新中心成员单位。这些项目融合了校内外有关高性能计算研究队伍，并与国外一流科学家（Benjamin W. Wah、Bernardo Cockburn、Yi Shang等）展开合作研究和交流。在国际、国内相关领域的顶级杂志与会议上共发表了高质量论文1000余篇，与华为、38所、PingCAP等多家单位展开了密切合作。
实验室的优势体现在一体化的研究方法、多学科交叉上，在并行计算理论基础、硬件平台、软件支撑和应用各环节都取得显著成果。我们提出了并行计算“结构—算法—编程—应用”一体化的研究方法，以应用引领、多学科交叉研究高性能计算，建立我国高性能计算研究基地，研制和推广国产并行机的应用。实验室就”基于移动社交网络的路由算法及群智感知机制研究”的工作申报了2019年度安徽省科学技术奖，经答辩评审获自然科学二等奖。2018年2月实验室独立完成的项目“无线自组织网络路由算法与性能优化的研究”获2017年度安徽省科学技术奖二等奖(自然科学)。自行研制的国产高性能计算机KD50、KD60、KD90已经在中国电子集团公司第38研究所以及安徽省科力公司得到应用；“‘并行计算’”课程的创建及其辐射与示范作用”获得了2009年度国家教学成果二等奖，在全国多地举办并行计算讲习班，提升了实验室的影响力；与淮河水利委员会、河海大学共同研制的“淮河防洪体系联合调度关键技术研究及应用”获得了水利部大禹科学技术奖励委员会颁发的大禹科学技术奖一等奖。