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“安徽省高性能计算重点实验室”的前身是安徽省科学技术厅于2000年1月批准成立的“安徽省部共建高性能计算及应用重点实验室”，2007年4月安徽省科学技术厅将其易名为现名。挂靠单位为中国科学技术大学。实验室依托国家高性能计算中心（合肥），充分利用中心已有的曙光系列并行机、HP Superdome大型机以及自行研制的全国产化万亿次高性能计算机等优良的计算资源和计算环境，开展高性能计算的研究。实验室的宗旨是：提高我国及安徽省高性能计算的研究水平，为我国和安徽省培养高水平的高性能计算人才，积极为安徽省国民经济建设与发展服务。
实验室主任为陈国良院士、学术委员会主任为石钟慈院士。实验室现有中国科学院院士1名、教授4名、副教授4名、讲师及工程师6名，博士生和硕士生60余名，拥有一支锐意进取、朝气蓬勃的年轻科研队伍。实验室人员已在IEEE Transaction on Computers、IEEE Trans. on Wireless Communication、IEEE Trans. on Vehicular Technology、ACM Computing Surveys、SPIE、中国科学、计算机学报、软件学报、电子学报等国内外著名学术刊物上发表论文300余篇，出版学术专著和教材14部。曾获国家级教学成果二等奖，国家科技进步二等奖和三等奖，中科院科技进步二等奖，中科院自然科学三等奖，安徽省科技进步二等奖共12项。
实验室的主要研究方向有大型科学与工程计算，高性能计算软件、环境、工具，以及水科学工程、汽车有限元分析等高性能应用的研究与开发工作。自成立以来，实验室已承担国家科技部973项目、国家863重点项目、安徽省科技厅重点项目、国家自然科学基金项目等30多项。典型的研究项目有国家973子课题无线传感网络应用示范系统、国家发改委示范工程基于IPv6无线传感器网络的环境监测系统、国家863重点项目合肥网格结点的建设及若干典型网格应用的研制和淮河流域防洪防污智能调度系统等。淮河流域防洪防污调度已为安徽省的减灾、防灾辅助决策发挥了重大作用，为安徽省国民经济建设和服务做出了贡献。
实验室与美国Purdue大学、香港中文大学、香港城市大学、澳大利亚Griffith大学、中国科学院网络信息中心以及国内其它的高性能计算中心有着广泛的学术交流与合作。
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