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徐  云

 

电   话:(0551)63602441

E-Mail:xuyun@ustc.edu.cn

个人主页:http://staff.ustc.edu.cn/~xuyun/ 

 

主要研究方向

大数据挖掘及生物信息学应用,多核并行编程模型及性能优化等。

徐云,男,1960年生,博士,教授。2002年中国科学技术大学计算机系博士毕业,获计算机软件与理论专业博士学位。现为IEEE、ACM和中国计算机学会会员、中国计算机学会理论计算机科学专委会委员。2002年起在中国科学技术大学计算机学院、国家高性能计算中心(合肥)从事并行计算与应用相关的研究和教学工作。近几年主要研究多核并行编程模型及性能优化、高性能生物序列分析算法等。至今已主持国家重点自然科学基金子课题及面上课题、973子课题、863子课题1项各1项,以及华为合作项目等横向项目,作为骨干参加了863、973、发改委和工信部等课题十余项。在国内外重要学术期刊TCBB、TPDS、Bioinformatics、BMC Bioinformatics、PLOS One、Information Sciences、计算机学报和软件学报等及国际学术会议上发表学术论文50余篇。

 

主讲课程

研究生课程:并行算法、算法设计与分析
本科生课程:并行计算 
 

获 奖 情 况 

   

[01]  “并行计算”课程的创建及其辐射与示范作用,国家级教学成果二等奖,排名第2,2009.9
[02] “并行计算”相关课程教学团队,国家级教学团队,排名第3,2009.9
[03] 中国科大王宽诚育才奖一等奖,个人,2009.8
   

主 要 论 著

   

[01]  Jiaoyun Yang, Yun Xu, Xiaohui Yao, and Guoliang Chen. FNphasing: A novel fast heuristic algorithm for haplotype phasing based on flow network model. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, accepted, 2013
[02] Yun Xu, Jiaoyun Yang, Yuzhong Zhao, Yi Shang. Improved Voting Algorithms For Planted (l, d) Motif Search. Information Sciences, accepted, 2013
[03] Haitao Jiang, Yun Xu, Yin Liao, Guojie Jin, Guoliang Chen. KBT Operating system kernel level binary translation system. Journal of Software(JSW), accepted, 2012
[04] Yun Xu, Da Teng, Yiming Lei. MinePhos: a literature mining system for protein phoshphorylation information extraction. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 9(1): 311-315, 2012
[05] Yun Xu, Wenhua Cheng, Pengyu Nie, Fengfeng Zhou. WinHAP: an Efficient haplotype phasing algorithm based on scalable sliding windows. PLOS One, 7(8): e43163, 2012
[06] Jiaoyun Yang, Yun Xu, Yi Shang. A new progressive algorithm for multiple longest common subsequences problem and its efficient parallelization. IEEE Trans. on Parallel and Distributed Systems, DOI: 10.1109/TPDS.2012.202. Preprint, 2012
[07] Tao Yan, Rynson Lau, Yun Xu, Liusheng Huang. Depth Mapping for Stereoscopic Videos. International Journal of Computer vision, Preprint, 2012
[08] Yan Li, Jianping Wang, Chunming Qiao, Ashwin Gumaste, Yun Xu, Yinlong Xu. Integrated Fiber-Wireless (FiWi) Access Networks Supporting Inter-ONU Communications.  IEEE/OSA Journal of Lightwave Technology, 28(5): 714-724, 2010
[09] Yun Xu, ZhiHao Wang, YiMing Lei, YuZhong Zhao and Yu Xue. MBA: A Literature Mining System for Extracting Biomedical Abbreviations. BMC Bioinformatics, 10:14, 2009
[10] Zhi-Hui Hu, Yun Xu, Liu-Sheng Huang and Howard Leung. A Chinese Handwriting Education System with Automatic Error Detection. Journal of Software (JSW), 4(2): 101-106, 2009
[11] Chen Guoliang, Sun GuangZhong, Xu Yun and Long Bai. Integrated research of parallel computing: Status and Future. Chinese Sci. Bull., 54: 1845-1853, 2009
[12] Yuzhong Zhao, Yun Xu, Zhihao Wang, Hong Zhang and Guoliang Chen. A Better Block Partition and Ligation Strategy for Individual Haplotyping. Bioinformatics, 24(23): 2720-2725, 2008

 

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